PHPでchmod() Operation not permittedって出たら

多分ファイルの所有者と、それを実行しようとするプロセスユーザーが一致していないのだと思う。
なので

$ chown apache hoge.txt

みたいにしてあげればいいと思う。
http://php.net/manual/ja/function.chmod.php