サーバテンプレートでは、設定を変数化して、入力出来るのが特徴的ですが、サーバを立ち上げた後は、あまり変更しないと思います（特にBootscriptで使われるInputは見逃していたり、抜けていたりすると、そもそもbootしない場合が多いと思います）
見逃し易いのはOperational ScriptやDecommission scriptで使うInputで、これは使う時にはって初めて抜けていた、という事に気がつきます。
そういう場合は、サーバテンプレートに入れても実稼働中のサーバには反映されません。なので、実稼働をしているサーバをInputに対して設定をする事で、デプロイメントでのスクリプト実行が出来るようになります。
変更したいデプロイメントを選択し、サーバテンプレートではなく、サーバを選択します。
そして個々のサーバページのInputで抜けていた内容を入力します。
ここで入力する事で、Operational Scriptなど実行する事が出来ますが、サーバを立てる前にサーバテンプレートに入力しておく事が一番です♫